Deux objectifs majeurs dont l'atteinte est nécessairement liée à la mise en œuvre d'une réforme de la structure organisationnelle qui consiste à " mettre en place une structure moderne, plus apte à planifier, à gérer et à exécuter, avec efficacité et efficience, ses activités en vue de l'accroissement des recettes et à inculquer une philosophie de gestion axée sur la responsabilisation du personnel et sur le résultat ".

La mise en place de cette structure organisationnelle implique en fait la mise en œuvre d'un ensemble de mécanismes organisationnels et de gestion visant à doter le service des moyens lui permettant d'atteindre les objectifs fixés. Ces mécanismes sont constitués par les liens hiérarchiques et fonctionnels, le partage de l'information et des responsabilités, l'imputabilité, le circuit décisionnel et le contrôle.

Une plus grande responsabilisation des cadres est l'objectif recherché de la réforme. Elle s'opère par la délégation, en partie, de l'autorité du Directeur Général.

Pour la mise en œuvre effective de la délégation, des Sous-Directions ont été créées. Fonctionnant précédemment comme des divisions, sous l'ancienne Direction Nationale des Impôts, les nouvelles Sous-Directions sont les suivantes :
La Sous -Direction de la Législation Fiscale et du Contentieux ;
la Sous -Direction Recherches et Appui à la Vérification ;
la Sous -Direction Organisation et Contrôle des services ;
la Sous -Direction des Grandes Entreprises ;
la Sous -Direction Informatique.

Trois Cellules apparaissent dans la nouvelle structure organisationnelle. Elles travaillent en staff avec la Direction Générale :

la Cellule des Affaires Générales ;
la Cellule Communication ;
la Cellule Planification et Suivi.